Miasto jest czynnym, zarejestrowanym podatnikiem VAT. Od początku 2014 r. rozlicza VAT łącznie ze wszystkimi miejskimi jednostkami budżetowymi. Wśród nich są jednostki budżetowe powołane w celu realizacji zadania własnego dotyczącego edukacji publicznej. Są to m.in. szkoły (podstawowe, gimnazja, ponadgimnazjalne, artystyczne). Miasto zapytało czy organizując przy ich pomocy stołówki szkolne, wypoczynek dzieci i młodzieży, ich uczestnictwo w widowiskach artystycznych i nauce pływania oraz w wymianie międzynarodowej, jest podatnikiem VAT. Samo uważało, że nie.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. W jego ocenie w opisanym zakresie miasto jest podatnikiem VAT, bo w odniesieniu do wskazanych czynności prowadzi działalność gospodarczą, objętą opodatkowaniem. Świadczy bowiem w reżimie cywilnoprawnym (a nie publicznoprawnym) odpłatne usługi. Jak tłumaczyli urzędnicy, istnieje bezpośredni związek pomiędzy dokonywanymi płatnościami a świadczonymi przez miasto usługami.
Samorządowcy zaskarżyli interpretację. Najpierw rację przyznał im sąd pierwszej instancji. Zauważył, że organy samorządu terytorialnego należy kwalifikować jako organy władzy publicznej, bez względu na to, czy wykonują zadania własne, czy z zakresu administracji rządowej. Wyłączenie organów władzy publicznej oraz urzędów obsługujących te organy z kategorii podatników ma charakter wyłączenia podmiotowo-przedmiotowego. Wyłączenie to ma miejsce przy spełnieniu łącznie dwóch przesłanek: podmiotowej, gdyż wyłączenie odnosi się tylko do organów władzy publicznej oraz przedmiotowej, ponieważ obejmuje tylko prowadzenie czynności z zakresu władztwa publicznego.
W ocenie sądu, w spornej sprawie miasto w odniesieniu do realizacji zadań własnych w zakresie oświaty nie działa jako podmiot profesjonalny biorący udział w obrocie gospodarczym. Nałożone na nie zadania wynikają z przepisów prawa, które określają sposób i zakres ich wykonywania. Miasto nie ma również możliwości odstąpienia od ich realizacji. Opłaty pobierane w związku z realizacją zadań własnych mają charakter opłat publicznoprawnych.
Stanowisko to potwierdził też Naczelny Sąd Administracyjny. W ocenie NSA czynności wykonywane przez miasto mieszczą się w zadaniach gminy, tj. są wykonywane w ramach edukacji publicznej. Zorganizowanie stołówki dla uczniów jest zadaniem szkoły realizowanym w ramach szeroko pojętej edukacji i należy do zadań publicznych gminy realizowanych przez nią jako organ władzy publicznej. Wskazuje na to umieszczenie analizowanego przepisu w ustawie o systemie oświaty. Sąd zauważył, że wysokość opłat za posiłki nie ma charakteru komercyjnego, ponieważ do opłat wnoszonych za korzystanie przez uczniów z posiłku w stołówce szkolnej nie wlicza się wynagrodzeń pracowników i składek naliczanych od tych wynagrodzeń oraz kosztów utrzymania stołówki. Poza kosztem „wkładu do kotła", który ponoszą rodzice uczniów, pozostałe wydatki związane z zapewnieniem uczniom posiłków powinny być ponoszone przez gminę. W konsekwencji, prowadzenie stołówki szkolnej mieści w zadaniach edukacyjnych gminy wykonywanych jako organ władzy publicznej i dlatego w tym zakresie gmina nie jest podatnikiem VAT. Zdaniem NSA podobne stanowisko co do braku możliwości opodatkowania VAT należy zająć w odniesieniu do organizowanych przez szkołę wypoczynku dzieci i młodzieży, uczestnictwa dzieci młodzieży w widowiskach artystycznych i nauce pływania oraz uczestnictwa dzieci i młodzieży w wymianie międzynarodowej.
