W deklaracji VAT-7 za listopad 2014 r. podatniczka wykazała nadwyżkę VAT do zwrotu na rachunek bankowy w terminie 60 dni. Fiskus postanowił się jednak przyjrzeć się rozliczeniu spółki i przedłużył termin zwrotu do czasu zakończenia postępowania weryfikacyjnego. Urzędnicy wyjaśnili, że w podjętych wobec spółki czynnościach sprawdzających wystąpiono m.in. do austriackiego fiskusa w sprawie jednego z kontrahentów podatniczki.
Spółka nie zgadzała się na przedłużanie terminu zwrotu. Organ odwoławczy go nie podważył. Uznał, że samo przeprowadzenie czynności sprawdzających w celu zebrania informacji będących w posiadaniu organu właściwego dla rozliczeń kontrahenta jest wystarczające do przedłużenia terminu zwrotu podatku. W ocenie urzędników takie działania (czynności) mieszczą się bowiem w ramach czynności sprawdzających prowadzonych wobec spółki.
Spór trafił na wokandę. Wojewódzki Sąd Administracyjny w Warszawie uwzględnił skargę podatniczki. Jego zdaniem fiskus niedostatecznie uzasadnił potrzebę dodatkowej weryfikacji rozliczeń VAT za listopad 2014 r. Ponadto, w przypadku przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku w związku z weryfikacją prowadzoną w ramach czynności sprawdzających nie jest możliwe sprawdzenie kontrahenta.
Fiskus zakwestionował to rozstrzygnięcie, ale ostatecznie przegrał. Oddalając jego skargę kasacyjną Naczelny Sąd Administracyjny kategorycznie odmówił mu prawa do tzw. kontroli krzyżowych w trakcie weryfikacji zwrotu VAT w ramach czynności sprawdzających.
Przypomniał, że w sprawie wypowiedział się NSA (24 października 2016 r., I FPS 3/16). Z przytoczonego stanowiska wynika, że w przypadku przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku w związku z weryfikacją prowadzoną na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT w ramach czynności sprawdzających, nie jest możliwe żądanie od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności. Jak podkreślił NSA, uchwała składu siedmiu sędziów NSA posiada w innych sprawach sądowo-administracyjnych ogólną moc wiążącą.
