Spór w sprawie dotyczył zwolnienia w VAT. We wniosku o interpretację podatnik wyjaśnił, że jego działalność obejmuje m.in. usługi z zakresu ochrony zdrowia. Prowadzona przez niego placówka wykonuje różne badania lekarskie. Są to przede wszystkim badania wstępne, okresowe i kontrolne m.in. operatorów suwnic, podnośników i platform hydraulicznych, a także badania kierowców wykonujących transport drogowy, osób z zakresu zabezpieczenia technicznego, ubiegających się o uprawnienia do kierowania pojazdami na kategorię A i B, kandydatów na instruktorów i instruktorów nauki jazdy, na egzaminatorów a także kandydatów na sędziów, kuratorów czy detektywów.
Podatnik zapytał czy wskazane badania korzystają ze zwolnienia na podstawie art. 43 ust. 1 pkt 18 i 19 ustawy o VAT. Chciał się też upewnić, czy gdyby jednak zastosowanie miała stawka podstawowa 23 proc., to VAT należy doliczyć do kwoty opłaty i w ten sposób skonstruować cenę.
Fiskus potwierdził prawo do zwolnienia, ale tylko dla usług medycyny pracy, polegających na wykonaniu badań wstępnych, okresowych i kontrolnych. W pozostałym zakresie odmówił preferencji. W jego ocenie skoro są one opodatkowane 23 proc. stawką VAT, to otrzymana od nabywcy opłata określona w przepisach wykonawczych jako jedyne wynagrodzenie zawiera w sobie już kwotę podatku należnego.
Podatnik nie zgadzał się z taką wykładnią. Racji nie przyznał mu jednak ani Wojewódzki Sąd Administracyjny w Gdańsku, a ostatecznie także Naczelny Sąd Administracyjny.
Sądy uznały, że sporne badania lekarskie m.in. dla kierowców, kandydatów na prawo jazdy, na instruktorów, na egzaminatorów, na sędziów i kuratorów czy detektywów nie korzystają ze zwolnienia. W ocenie zarówno WSA, jak i NSA usługi te nie służą bowiem profilaktyce, zachowaniu, ratowaniu, przywracaniu ani poprawie zdrowia.
