Od 1 stycznia podwykonawca świadczący usługi budowlane wystawia fakturę z adnotacją o treści: „odwrotne obciążenie", a VAT rozlicza nabywca.
Pierwszym z dwóch najważniejszych problemów związanych z nowymi przepisami jest pogorszenie się płynności finansowej podwykonawców. Wystawiają oni faktury w kwotach netto i w takich wartościach otrzymują płatności. Natomiast za zakupione towary i usługi muszą płacić kwoty zawierające VAT. Jeżeli wykonują jedynie lub głównie usługi budowlane, nie wykazują podatku należnego i będą systematycznie posiadali nadwyżkę VAT naliczonego.
Oczywiście mają prawo do jej zwrotu. Niemniej, mając na uwadze nowe, bardziej rygorystyczne zasady dotyczące zwrotu w terminie 25 dni od złożenia deklaracji, będą musieli czekać na zwrot VAT co najmniej 60 dni. Oznacza to, że przedsiębiorcy przez długi okres będą kredytowali Skarb Państwa. Dla wielu może być to ciężar ponad siły.
Drugim z głównych problemów jest klasyfikacja usług. Nowe przepisy definiują usługi budowlane podlegające mechanizmowi odwrotnego obciążenia poprzez odwołanie się do Polskiej Klasyfikacji Wyrobów i Usług (PKWiU). Niekiedy usługa na pierwszy rzut oka może być zaklasyfikowana zarówno do działu 42 PKWiU – budowle i roboty ogólnobudowlane związane z budową obiektów inżynierii lądowej i wodnej, jak i do działu 33 PKWiU – usługi naprawy, konserwacji i instalowania maszyn i urządzeń. Dopiero dokładna analiza czynności wchodzących w skład usługi pozwoli na właściwą klasyfikację.
Co do zasady za właściwe zaklasyfikowanie usługi odpowiedzialny jest podmiot ją wykonujący. Błąd może jednak rodzić negatywne konsekwencje również dla jej nabywcy. Organy podatkowe będą mogły bowiem kwestionować prawo nabywcy usługi, do której podwykonawca błędnie doliczył VAT, do odliczenia tego podatku.