Jednolity Plik Kontrolny (JPK) to siedem różnych struktur. Niektóre z nich zostały zbudowane na podstawie istniejących już raportów podatkowych (ewidencja VAT, podatkowa księga przychodów i rozchodów). Inne bazują na zestawieniach niewykorzystywanych dotychczas bezpośrednio do celów podatkowych (wyciągi bankowe, księgi rachunkowe). Istnieją wreszcie struktury, które wymagają od podatnika stworzenia zupełnie nowego zestawienia, jak np. JPK dla faktur i struktura magazynowa. Szczególnie ta ostatnia okazała się wyjątkowo niejasna dla podatników.
Struktura magazynowa, czyli JPK_MAG, została wprowadzona jako jedna ze struktur, do przekazania których mogą zostać zobowiązani przedsiębiorcy. Wątpliwości budzi nie tylko sam charakter ruchów magazynowych raportowanych w pliku JPK. Problematyczne okazało się również zagadnienie, które powinno być najbardziej oczywiste: istnienie bądź nieistnienie magazynu.
Nie ma definicji
Przepisy wprowadzające obowiązek przygotowania JPK nigdzie nie zdefiniowały pojęcia magazynu. Co więcej, brak jest takiej definicji w jakimkolwiek innym akcie prawnym, który mógłby znaleźć zastosowanie w przypadku JPK. Nie ma również definicji poszczególnych ruchów magazynowych, co jest istotne z punktu widzenia ich kwalifikacji na potrzeby systemów księgowych.
W tak zarysowanym stanie prawnym podatnicy muszą odnaleźć punkt oparcia, który pozwoli im znaleźć odpowiedź na podstawowe pytanie, wynikające z obowiązku raportowania JPK: czy w ich przedsiębiorstwie istnieje magazyn?
W pierwszej kolejności należy zauważyć, że ruchy magazynowe już w przeszłości budziły wiele kontrowersji w podatkach. Problem ich śledzenia zaistniał chociażby na podstawie art. 15b ustawy o CIT, przy okazji wyłączania z kosztów uzyskania przychodów kwot wynikających z faktur nieopłaconych w ustawowym terminie. Część podatników tłumaczyła wówczas, że wobec braku możliwości prześledzenia obiegu towarów w trakcie cyklu produkcyjnego, byli oni zmuszeni do stosowania pewnych uproszczeń. W konsekwencji, przepis został uchylony. Tymczasem prawodawca poszedł w nieco innym kierunku i nakazał podatnikom pokazywać w niezwykle szczegółowy sposób ruchy magazynowe w pliku JPK.