Genezy wielkiego pożaru należy upatrywać w krwawej bitwie pod Borodino, a ogólniej – w strategii wojennej rosyjskiego dowództwa. Nie jest prawdą, jakoby Napoleon Bonaparte, dokonując inwazji w 1812 r., za cel stawiał sobie zniszczenie rosyjskiego imperium. Dzisiejsi historycy rosyjscy skłaniają się ku wersji, że cesarz Francuzów chciał pokonać cara Aleksandra I po to, aby uczynić zeń wiernego alianta w swojej antybrytyjskiej strategii. Jeśli tak, to i cele wojny były ograniczone do poszerzenia terytorium Wielkiego Księstwa Warszawskiego jako buforu antyrosyjskiego bezpieczeństwa Francji, a jeszcze bardziej do wymuszenia na Petersburgu wiążącego sojuszu z Paryżem. Niestety, kierujący się chorobliwą miłością własną car Aleksander I widział rozgrywkę inaczej i przygotowywał się do rozstrzygającej wojny już od 1810 r. Po niesławnym końcu dwóch koalicji antynapoleońskich z udziałem Rosji, czyli wielkim laniu, jakie carska armia otrzymała pod Austerlitz (w sojuszu z Austrią) i Friedlandem (w sojuszu z Prusami), car zwiększył budżet obronny z 50 mln rubli do 118 mln, zreformował armię na wzór francuski i rozlokował siły zbrojne na granicy Księstwa Warszawskiego. Ale, jak to z Rosją bywa, gdy dwa lata później Napoleon wykonał wyprzedzający ruch, okazało się, że nic nie jest gotowe i car podwinął ogon, wciągając siły nieprzyjaciela w głąb kraju. Tym samym unikał szybkiej rozstrzygającej bitwy, na którą tak liczył Bonaparte.
Historycy przypisują strategię spalonej ziemi samemu Aleksandrowi, który miał powiedzieć francuskiemu ambasadorowi, że jeśli trzeba, to wycofa się na Kamczatkę, a broni nie złoży. Inni wskazują na napoleońskiego marszałka Jeana Bernadotte, późniejszego zdrajcę i szwedzkiego króla Karola XIV, który rzekomo poradził carowi, jak powiązać przestrzeń, klimat i ograniczone zasoby. W każdym razie plan kampanii opracował minister wojny i głównodowodzący generał Michaił Barclay de Tolly. Polegał on na ewakuacji oraz niszczeniu wszystkiego, głównie żywności, w celu osłabienia Wielkiej Armii. Po sierpniowym przegranym starciu pod Smoleńskiem Aleksander wyznaczył nowego naczelnego wodza – generała Michaiła Kutuzowa. Jednak i on, ku niezadowoleniu dworskich faworytów tracących majątki oraz pańszczyźnianych chłopów, kontynuował strategię poprzednika. To ważne z punktu widzenia naszego śledztwa, bo pożar Moskwy nie był jedynym w swoim rodzaju aktem wojny. W taki sam sposób, czyli przed wejściem francuskich korpusów, spaliły się Smoleńsk, Wiaźma, Dorogobuż i inne miasta na szlaku Wielkiej Armii. Płonęły też wsie, zboża oraz łąki. Napoleon był zmuszony wydzielać coraz większe garnizony do ochrony rozciągniętych dróg transportu i zdobywania niezbędnych zapasów. W armii zaczęły się choroby i głód, w efekcie cesarz doprowadził pod Borodino nie więcej niż 135 tys. żołnierzy z początkowych 600 tys. A mimo to zwyciężył w krwawej jatce, w jaką zamieniła się próba zatrzymania Napoleona przed Moskwą w wykonaniu Kutuzowa. Według współczesnych danych 150-tysięczna armia rosyjska straciła ponad 50 tys. żołnierzy, a Francuzi ok. 25 tys. Mimo że rosyjska historia mitologizuje bitwę, nazywając ją borodińskim zwycięstwem, Kutuzow, ratując armię przed kolejną rzezią, zarządził dalszy odwrót. Bitwa rozegrała się 7 września 1812 r., a 13 tegoż miesiąca w podmoskiewskich Filiach odbyła się narada wojenna, na której rosyjski wódz podjął decyzję o pozostawieniu Moskwy bez obrony. Z armią uciekła także większość mieszkańców drugiej po Petersburgu i historycznej stolicy imperium. Napoleon wkroczył do miasta dzień później, ale Moskwa, wzorem Smoleńska, już płonęła.
Huragan ognia
Pożar miasta trwał pięć dni, od 14 do 19 września 1812 r. Zgodnie z historyczną rekonstrukcją, zeznaniami świadków oraz ustaleniami francuskiej komisji śledczej powołanej natychmiast przez Bonapartego, jako pierwsze zapaliły się barki z amunicją i wyposażeniem rosyjskiej armii, które osiadły na dnie rzeki Moskwa z powodu niskiego stanu wód. Równocześnie ogniska pożaru wybuchły w kilkunastu innych miejscach położonych koncentrycznie wokół Kremla, czyli carskiej rezydencji. Paliły się budynki rządowe, sklepy i stragany śródmiejskie w tzw. Kitaj Gorodzie. Wybuchały arsenały wypełnione prochem. Ze względu na suchą i wietrzną pogodę burza ogniowa przekroczyła rzekę Moskwa i zaatakowała kolejne dzielnice: Zamoskworieczie, Piatnicką, Sierpuchowską i Jakimanską, a potem pożar dotarł do rejonu Jauzskiego, Taganskiego i tzw. Niemieckiej Słobody, czyli dawnego osiedla cudzoziemskiego. W nocy z 18 na 19 września katastrofa przybrała największe rozmiary, aby z każdym następnym dniem słabnąć. Jednak, co symptomatyczne, pojedyncze ogniska wybuchały z nową siłą, aż do wyjścia armii napoleońskiej z miasta, a więc do 20 października. W wyniku pożaru spaliło się 80 proc. zabudowy miasta. Z 90 tys. domów zniszczeniu uległo 60,5 tys.; z 8,5 tys. sklepów, magazynów i budynków gospodarczych spaliło się 7,5 tys. Zniszczeniu uległy 122 cerkwie z 325. Spłonął Uniwersytet Moskiewski, włącznie z archiwami, zbiorami i bibliotekami. Spłonęło wiele pałaców, siedzib szlachty oraz mieszczan, w których znajdowały się bezcenne zbiory sztuki europejskiej i rosyjskiej (bezpowrotnemu zniszczeniu uległ m.in. jedyny wolumin dzieła „Słowo o wyprawie Igora"). Według różnych danych spaliło się żywcem lub udusiło od dymu od 2 do 15 tys. żołnierzy rosyjskich rannych w bitwie borodińskiej, których ze względu na brak możliwości transportowych armia pozostawiła w mieście na litość Francuzom, co było wówczas powszechną praktyką wojenną. Śmierć poniosło także od 4 do 6 tys. żołnierzy napoleońskich. Liczba zmarłych i rannych mieszkańców pozostaje tajemnicą do dziś. Takie były skutki chaotycznej, a przede wszystkim drewnianej zabudowy Moskwy. Miasta traktowanego po macoszemu od panowania Piotra I, który przeniósł stolicę do Petersburga, a w dawnej ze względu na deficyt budulca zabronił stawiania murowanych budynków, zabierając przy okazji wszystkich kamieniarzy. Tak więc opiewana w licznych poematach „Moskwa biełokamiennaja" to rezultat architektonicznej rekonstrukcji po pożarze 1812 r.
Jeszcze 14 września Napoleon przy dźwiękach wojskowej orkiestry grającej „Marsyliankę" wkroczył na Kreml, zajmując, jak na imperatora przystało, apartamenty swojego rosyjskiego kolegi. Jednak po wejściu na zamkowe mury z wielkim niepokojem śledził rozprzestrzenianie się pożaru. Następnego dnia był zmuszony do ewakuacji, a właściwie został wyprowadzony po omacku przez własnych gwardzistów, bo gęsty dym dusił i uniemożliwiał jakąkolwiek orientację. Jako że eskapada odbywała się na piechotę (ogień płoszył konie), Bonaparte ze świtą zabłądził w płonącej stolicy, krążył dłuższy czas po Arbacie, poszukując mostu na drugą stronę rzeki i dopiero wieczorem przedostał się w okolice Cmentarza Wagańkowskiego, skąd dotarł do nowej siedziby – Pałacu Piotrowskiego. Na Kreml powrócił 18 września już po samoistnym wypaleniu zabudowy. Na wieść o rozmiarze i skutkach pożaru, powiedział: „To katastrofa, która zniweczyła wszystko. Byłem przygotowany na każdą ewentualność z wyjątkiem tego, co się wydarzyło. Tego akurat nie mogłem przewidzieć". Moskwa w planach wojennych cesarza odgrywała kluczową rolę: opuszczone domy oraz pozostawione zapasy żywności miały uczynić z miasta komfortowy obóz zimowy. To z Moskwy miała ruszyć wiosenno-letnia kampania, która zdaniem cesarza winna zakończyć wojnę. Tym bardziej że rosyjska armia znalazła się w położeniu znacznie gorszym. Kutuzow, który drogą riazańską wycofał wojsko do zimowego obozu w Tarutino, nie zadbał kompletnie o żywność, a przede wszystkim o mundury zimowe. A jednak pożar Moskwy nie tylko wyrównał szanse, ale przechylił je na korzyść Rosjan, bo strawił wszystko, co było potrzebne Napoleonowi do przeżycia zimy przez wielotysięczną armię. Reszty dokonała typowo bizantyjska chytrość Aleksandra, czyli gra na zwłokę. Bonaparte stracił miesiąc na próby pokojowego porozumienia z carem, a gdy wydał rozkaz odwrotu do zimowych baz w Smoleńsku i Wilnie, było już za późno. Jesienne roztopy szybko zastąpiły przymrozki, a następnie typowo rosyjska surowa zima, zgubna dla przyszłości Napoleona i Francji.
Z tego punktu widzenia twierdzenia rosyjskich historyków i publicystów epoki oraz ich radzieckich następców o podpaleniu Moskwy przez Francuzów nie mają najmniejszego sensu. To prawda, że żołnierze napoleońscy grabili miasto i upijali się zdobycznym alkoholem, przyczyniając się do powstania pożarów, ale ograniczonych tylko miejscami zakwaterowania. Często zdarzały się także wybuchy rosyjskich pieców, których Francuzi nie umieli obsługiwać. Wszystko razem nie miało jednak wpływu na skalę katastrofy i Bonaparte jeszcze podczas trwania pożaru wydał surowy rozkaz chwytania oraz karania podpalaczy. Zgodnie z danymi cesarskiej komisji śledczej rozstrzelano lub powieszono ponad 4 tys. osób złapanych na gorącym uczynku lub podejrzanych o taką działalność. Najbardziej bezpardonowo miały rozprawiać się z sabotażystami oddziały polskie, które rozstrzeliwały każdego, nie czekając na wyniki dochodzenia. Francuzi najpierw aresztowali, a potem dziesiątkowali sprawców, wieszając ich najczęściej na ulicach dla odstraszającego przykładu. W raporcie na ten temat można także przeczytać, że wielu spośród zatrzymanych było przebranymi oficerami armii rosyjskiej oraz funkcjonariuszami policji miejskiej dowodzącymi zwykłymi rabusiami i kryminalistami. Dlatego końcowy wniosek komisji przypisał winę za tragedię rosyjskiemu gubernatorowi Moskwy hrabiemu Fiodorowi Rostopczynowi, którego oskarżono o celowe zniszczenie miasta, zaplanowane jeszcze przed jego ucieczką wraz z armią Kutuzowa.