Odzyskanie zaległych kwot podatku, głównie z tzw. pustych faktur, było właściwie niemożliwe, co grozi wzrostem przedawnień zobowiązań podatkowych. NIK dostrzega jednak usprawnienia, jakie Ministerstwo w wprowadza w zakresie skuteczności działania służb skarbowych wobec podmiotów prowadzących legalną działalność.
Według stanu na koniec 2015 r. wymagalne zaległości podatkowe wyniosły prawie 59 mld zł, w tym zaległości w podatku od towarów i usług prawie 43 mld zł. W ogólnej kwocie zaległości zarejestrowane w urzędach skarbowych stanowiły 86,1%, a zaległości zarejestrowane w izbach celnych 13,9%.
W porównaniu do stanu na koniec 2014 r. zaległości wzrosły o 43,4%. W porównaniu do stanu na koniec 2009 r. zaległości wzrosły ponad trzykrotnie (o 209,4%), w tym zaległości w podatku od towarów i usług wzrosły ponad czterokrotnie (o 325,7%). Ponad trzy czwarte zaległości stanowiły zaległości największych dłużników (powyżej jednego mln zł).
Wzrost zaległości wynikał głównie z trudności w egzekwowaniu należności ustalonych przez dyrektorów urzędów kontroli skarbowej w trybie art. 108 ustawy o podatku od towarów i usług - chodzi o tzw. puste faktury wystawione przez firmy „słupy". Postępowania egzekucyjne wobec podmiotów dokonujących oszustw podatkowych były mało skuteczne. Wpłaty do budżetu w latach 2013-2014 i w I półroczu 2015 r. wyniosły zaledwie 1,3% kwot wynikających z decyzji wymiarowych urzędów kontroli skarbowej (12,4 mld zł). Zaległości z tego tytułu były więc właściwie nieściągalne, ale zwiększały się wraz ze wzrostem wykrywalności oszustw podatkowych. Należy liczyć się z tym, że w najbliższych latach zaległości te będą się przedawniać. Do ich egzekwowania konieczna jest zmiana metod działania i stosowanie narzędzi właściwych do ścigania przestępstw. Istotne jest identyfikowanie zagrożeń i wykrywanie organizatorów przestępstw podatkowych celem eliminowanie ich z rynku, uniemożliwienia im dalszego prowadzenia przestępczej działalności i generowania dalszych nieściągalnych zaległości.
W 2014 r. odpisano z powodu przedawnienia zaległości na kwotę 1,7 mld. Było to mniej niż w 2009 r. o 22,1%. W 2015 r. tylko w urzędach skarbowych z tytułu przedawnienia odpisano kwotę 1,7 mld zł (w izbach celnych odpisano 460,4 mln zł).
