Tuż po atakach z 11 września 2001 administracja George'a Busha stwierdziła, że aby zapobiec kolejnym wydarzeniom terrorystycznym, musi rozwinąć działania wywiadowcze, i w przesłuchaniach bojowników Al-Kaidy pozwoliła na stosowanie wcześniej zabronionych metod. Mowa to torturach i innych działaniach niehumanitarnych i poniżających godność człowieka. Stosowania ich zabraniały przepisy amerykańskie, jak i ONZ-owska konwencja przeciwko torturom.
„Zgoda na ich zastosowanie nie leżała w gestii CIA ani tym bardziej pani Haspel. To była rola Biura Doradztwa Prawnego (OLC) przy Departamencie Sprawiedliwości" – bronią jej w felietonie opublikowanym w „Wall Street Journal" David B. Rivkin i Lee A. Casey, prawnicy specjalizujący się w prawie konstytucyjnym, którzy służyli w Białym Domu oraz Departamencie Sprawiedliwości w administracjach republikańskich prezydentów: Ronalda Reagana i George'a H.W. Busha. Jak piszą, w serii memorandów OLC opublikowało wytyczne pozwalające na stosowanie kontrowersyjnych metod przesłuchań.
„Szczegóły tego programu były przedstawiane liderom w Senacie i Izbie Reprezentantów. Nikt nie zgłosił słowa sprzeciwu" – piszą Rivkin i Casey. Haspel też nie. Sumiennie wypełniała swoje obowiązki, jakie jej agencja wówczas wyznaczyła w nadzorowaniu tego kontrowersyjnego programu.
Gdy memoranda OLC ujrzały światło dzienne w 2004 r., rozgorzała debata na temat okrucieństw, jakich dopuszczali się pracownicy CIA podczas przesłuchań, które ostatecznie zakazane zostały w styczniu 2009 r. przez prezydenta Baracka Obamę.
Koniec z torturami
Haspel zarzuca się też udział w procesie niszczenia nagrań wideo rejestrujących podtapianie podejrzanych o działania terrorystyczne, w tym jednego z wysoko postawionych członków Al-Kaidy.
W tym czasie Haspel pracowała jako szef sztabu w biurze Jose Rodrigueza, dyrektora tajnych programów CIA, który autoryzował zniszczenie nagrań. Argumentował, że ich przetrzymywanie nie było wymagane prawem, zawierały tajne informacje o operacjach wywiadu, które – jeżeli dostałyby się w niepowołane ręce – ujawniłyby agentów CIA oraz ich działania, ze szkodą dla samych agentów, jak i agencji wywiadowczej. Rodriguez podobno konsultował z Haspel decyzję o zniszczeniu tych materiałów dowodowych. Przeciwko zniszczeniu tych nagrań oponowało wielu przedstawicieli rządowej administracji.