W lipcu 2014 r. fiskus wydał interpretację dotyczącą CIT. Problem, z którym do organu zwróciła się spółka, dotyczył możliwości rozliczenia strat jej zakładu położonego w Irlandii, które nie mogły być rozliczone w państwie położenia w związku z likwidacją zakładu. Podatniczka uważała, że prawo do odliczenia od dochodu przedmiotowych strat wynika z art. 7 ust. 5 ustawy o CIT, który powinien być interpretowany zgodnie z unijną zasadą swobody przedsiębiorczości.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. W jego ocenie, na podstawie obowiązujących przepisów umowy polsko-irlandzkiej oraz ustawy o CIT, strat zakładu zlokalizowanego w Irlandii, w przypadku jego likwidacji, nie będzie można rozliczyć w zeznaniu podatkowym składanym przez spółkę w Polsce. Fiskus tłumaczył, że żaden przepis nie pozbawia spółki mającej siedzibę lub zarząd na terytorium Polski, jako przedsiębiorstwa prowadzącego działalność przez irlandzki zakład, możliwości odliczenia strat tam powstałych w tamtejszym rozliczeniu. Tym samym nieuwzględnienie takiej straty w Polsce, jako państwie siedziby lub zarządu, nie narusza prawa unijnego.
Spółka zaskarżyła interpretację i wygrała. Rację przyznał jej najpierw sąd pierwszej instancji, a ostatecznie Naczelny Sąd Administracyjny. NSA podkreślił, że problematyka rozliczenia w polskim systemie podatkowym straty wygenerowanej przez zakład działający w innym państwie członkowskim, a niemożliwej do rozliczenia w tym państwie, była już przedmiotem wielu orzeczeń. Linia orzecznicza w tych sprawach, kształtowana kilkuletnią praktyką, jest w zasadzie jednolita. Wynika z niej, że likwidacja zakładu zagranicznego spółki polskiej, powodująca niemożność rozliczenia straty w systemie podatkowym drugiego państwa członkowskiego UE, jest przesłanką do uznania prawa wspólnotowego nad prawem krajowym. NSA nie miał więc wątpliwości, że spółce przysługuje uprawnienie do rozliczenia w polskim systemie podatkowym straty wygenerowanej przez zakład działający w innym państwie członkowskim, a niemożliwej do rozliczenia w tym państwie.
NSA wytknął, że fiskus pomija znaczenie relacji prawa wewnętrznego z unijnym, zwłaszcza w kontekście zasady swobody przedsiębiorczości. Tymczasem analiza dorobku Trybunału Sprawiedliwości Unii Europejskiej w zakresie dopuszczalnych ograniczeń w odliczeniu straty powstałej w zakładzie działającym w innym państwie członkowskim niż siedziba spółki prowadzi do wniosku, że ograniczenie swobody działalności gospodarczej można dopuścić jedynie wtedy, gdy jest uzasadnione nadrzędnymi względami interesu ogólnego.
Wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 29 września 2017 r. (II FSK 2382/15).
