Spór w sprawie dotyczył obowiązków płatnika. We wniosku o interpretację spółka wskazała, że jako pracodawca wypłaca na rzecz swoich pracowników nie tylko wynagrodzenia, ale także inne świadczenia na rzecz byłych zatrudnionych, tj. emerytów i rencistów. W związku z tym pełni funkcję płatnika PIT. Firma podkreśliła, że specyfika jej działalności niesie ryzyko wypadków przy pracy, co wiąże się z dodatkowymi obowiązkami. Spółka jest m.in. zobowiązana do rekompensaty kosztów wywołanych uszkodzeniem ciała pracownika lub jego rozstrojem zdrowia (art. 444 § 1 kodeksu cywilnego). Obowiązek rekompensaty kosztów obejmuje wszelkie koszty wywołane uszkodzeniem ciała lub rozstrojem zdrowia, tj. wszelkie niezbędne i celowe wydatki na naprawienie szkody. Spółka zwraca lub bezpośrednio finansuje poszkodowanym w wyniku wypadku przy pracy obecnym i byłym pracownikom udokumentowane fakturami i rachunkami koszty leczenia, rehabilitacji, przedmiotów ortopedycznych (koszty nabycia kul, protez, gorsetów) czy aparatów słuchowych.
Spółka zapytała czy wypłacone bądź sfinansowane świadczenia dla pracowników korzystają ze zwolnienia z podatku na podstawie art. 21 ust. 1 pkt 3 ustawy o PIT.
Fiskus odpowiedział, że nie. Stwierdził, że zwolnienie, o które pyta spółka, nie obejmuje wszystkich odszkodowań, a tylko te, których wysokość lub zasady ustalania zostały określone wprost w stosownych przepisach prawa, z wyjątkiem enumeratywnie wymienionych kategorii odszkodowań. Tego warunku, w ocenie urzędników, nie spełniają świadczenia wypłacane przez spółkę. Bo choć określa ona zakres i sposób naprawienia szkody,to nie normuje jednak wysokości odszkodowania lub zasad jego ustalenia.
Spółka zaskarżyła interpretację, a Wojewódzki Sąd Administracyjny we Wrocławiu uwzględnił jej skargę. Uznał, że odszkodowania przyznane na podstawie art. 444 § 1 k.c. korzystają ze zwolnienia z art. 21 ust. 1 pkt 3 ustawy o PIT. W ocenie WSA zasady ustalania odszkodowania, tj. zakres i sposób naprawienia szkody, w spornym przypadku określa bowiem odrębna ustawa, tj. kodeks cywilny.
Ostatecznie to stanowisko potwierdził Naczelny Sąd Administracyjny. Zauważył, że zgodnie z art. 444 § 1 k.c. w razie uszkodzenia ciała lub wywołania rozstroju zdrowia naprawienie szkody obejmuje wszelkie wynikłe z tego powodu koszty. Na żądanie poszkodowanego zobowiązany do naprawienia szkody powinien wyłożyć z góry sumę potrzebną na koszty leczenia, a jeżeli poszkodowany stał się inwalidą, także sumę potrzebną na koszty przygotowania do innego zawodu. NSA podkreślił, że przepis ten nie zmienia ogólnej zasady pełnego odszkodowania, określonej w art. 361 k.c. Wydatki poniesione przez poszkodowanego na leczenie i rehabilitację podlegają kompensacji, nawet jeśli nie okazały się skuteczne i nie spowodowały poprawy zdrowia. Wysokość wypłaty świadczenia nie jest dowolna.