Stanowisko organu prezentowane w interpretacji jest konsekwencją dominującej obecnie linii orzeczniczej sądów administracyjnych w zakresie skutków podatkowych konwersji wierzytelności na kapitał. Konwersja może być przeprowadzona na dwa sposoby – w formie aportu wierzytelności pożyczkowej albo przez wniesienie wkładu pieniężnego, rozliczanego w formie potrącenia wzajemnych zobowiązań, tj. zobowiązania spółki do spłaty pożyczki z zobowiązaniem wspólnika do wniesienia wkładu pieniężnego.
Z uwagi na niekorzystne skutki podatkowe pierwszego z tych sposobów, preferowany był drugi sposób. Jednak zgodnie z aktualną linią orzeczniczą, wniesienie wkładu pieniężnego na podwyższenie kapitału zakładowego, rozliczanego w drodze potrącenia wzajemnych zobowiązań, powinno być traktowane dla celów podatkowych jako wniesienie aportu. Takie stanowisko, oprócz powołanego przez organ podatkowy wyroku NSA z 25 czerwca 2014 r. (II FSK 1799/12), prezentowane jest w wielu innych orzeczeniach (m.in. w wyroku NSA z 3 lutego 2016 r., II FSK 2648/13; wyroku NSA z 25 marca 2015 r., II FSK 349/13 i wyroku WSA w Warszawie z 15 lipca 2015 r., III SA/Wa 3378/14). Chociaż w ubiegłym roku zdarzały się jeszcze wyroki prezentujące przeciwny pogląd (m.in. wyrok WSA w Warszawie z 13 maja 2015 r., III SA/Wa 2496/14), to stanowią one zdecydowaną mniejszość.
Konsekwencją obecnego stanowiska sądów są niekorzystne skutki podatkowe występujące zarówno po stronie wspólnika, jak i spółki. Po stronie wspólnika, taka kwalifikacja konwersji wierzytelności na kapitał skutkuje powstaniem przychodu podatkowego (w wysokości wartości nominalnej udziałów/akcji w spółce objętych w zamian za wniesiony aport). Jednocześnie, często kwestionowana jest możliwość rozpoznania przez niego kosztu uzyskania przychodu (w wysokości należności głównej pożyczki). Po stronie spółki, jak zostało wskazane w analizowanej interpretacji, część kapitału zakładowego pokryta w drodze aportu wierzytelności pożyczkowej nie powinna być uwzględniana przy obliczaniu kapitału własnego dla celów tzw. niedostatecznej kapitalizacji.
Reasumując, poprzez konwersję wierzytelności na kapitał nie można powiększyć kapitału własnego spółki, obliczanego dla celów niedostatecznej kapitalizacji w ramach tzw. metody podstawowej (art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o CIT). Zgodnie z tą metodą, jeżeli poziom pożyczek udzielonych spółce przez kwalifikowane podmioty powiązane przekracza wysokość kapitału własnego, to spółka nie może zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów odsetek od części pożyczek przekraczającej tę wysokość. W rezultacie, ograniczona jest możliwość finansowania spółki przez podmioty powiązane za pomocą pożyczek.
Trudno zgodzić się z prezentowanym wyżej stanowiskiem sądów. Potrącenie wzajemnych zobowiązań nie powinno być utożsamiane z wniesieniem aportu. Wniesienie aportu w postaci wierzytelności pożyczkowej prowadzi do wygaśnięcia wierzytelności w drodze konfuzji, a nie potrącenia. Natomiast możliwość umownego potrącenia wzajemnych wierzytelności pomiędzy wspólnikiem i spółką została wprost przewidziana w kodeksie spółek handlowych. O formie konwersji wierzytelności na kapitał (w postaci wkładu pieniężnego lub niepieniężnego) powinna zatem decydować treść uchwały zgromadzenia wspólników. Takie stanowisko zaprezentował NSA w wyroku z 14 grudnia 2004 r. (FSK 2066/04).
Z ekonomicznego punktu widzenia, potrącenie wzajemnych zobowiązań pomiędzy wspólnikiem i spółką ma takie same skutki jak zapłata tych zobowiązań w gotówce lub przelewem bankowym. Nieracjonalnym jest uzależnianie konsekwencji podatkowych tej transakcji od przeprowadzenia niepotrzebnych przepływów środków pieniężnych.