W latach 1996–2004 spółka otrzymała kilka pożyczek od swojego duńskiego udziałowca (posiadającego 100 proc. kapitału zakładowego spółki). Aż do 2013 r. odsetki od tych pożyczek były jedynie naliczane, ale nie były spłacane. W 2014 r. zostały częściowo zapłacone. Na dzień poprzedzający zapłatę odsetek zadłużenie z tytułu pożyczek przekraczało trzykrotność kapitału udziałowego spółki. Firma zapytała, czy zapłacone odsetki od pożyczek udzielonych przez udziałowca przed 1 stycznia 2005 r. podlegają ograniczeniom wynikającym z art. 16 ust. 1 pkt 60 i 61 ustawy o CIT.
Sama uważała, że zgodnie z art. 23 ust. 1 konwencji pomiędzy Polską a Królestwem Danii w sprawie unikania podwójnego opodatkowania (dalej: umowa) obywatele obu krajów powinni być równo traktowani, zarówno w kwestii obowiązków, jak i uprawnień, pod względem opodatkowania w każdym z umawiających się państw. Tymczasem zgodnie z art. 9 ustawy nowelizującej CIT z 18 listopada 2004 r. przepisów dotyczących cienkiej kapitalizacji nie należy stosować do odsetek od pożyczek udzielonych przed 1 stycznia 2005 r. przez podatników będących rezydentami. W ocenie spółki w praktyce możliwość zaliczenia do kosztów pełnej kwoty wpłacanych przez podatnika odsetek w zależności od tego, czy odbiorca odsetek podlega nieograniczonemu czy ograniczonemu obowiązkowi podatkowemu. Zatem jest sprzeczny z przepisami konwencji w części dotyczącej równego traktowania. Możliwość zaliczenia w koszty odsetek od pożyczek zawartych przed 1 stycznia 2005 r. powinna być zatem stosowana do pożyczek udzielonych przez nierezydentów.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Po analizie przepisów doszedł do przekonania, że w sytuacji zapłacenia odsetek od pożyczek zawartych przed 1 stycznia 2005 roku udzielanych przez duńskiego udziałowca zastosowanie znajdą ograniczenia wynikające z polskich przepisów art. 16 ust. 1 pkt 60 ustawy o CIT.
Spółka zaskarżyła interpretację, a WSA w Gliwicach uznał jej skargę za zasadną.
Sąd zauważył, że istota sporu w sprawie sprowadza się do oceny zgodności konstrukcji polskiego prawa podatkowego dotyczącego regulacji ograniczającej możliwość zaliczenia do kosztów odsetek od pożyczek udzielonych przez udziałowca niebędącego rezydentem, w sytuacji, gdy wysokość zadłużenia przekracza w określonym stosunku wysokość kapitału zakładowego spółki, z przepisami umowy. Sąd przypomniał, że ograniczenie fiskalnych skutków niedostatecznej kapitalizacji w okresie od 1 stycznia 1999 r. do 31 grudnia 2000 r. dotyczyło w jednakowym stopniu wszystkich udziałowców (akcjonariuszy), niezależnie od tego, czy byli oni rezydentami polskimi. Od 1 stycznia 2000 r. do 31 grudnia 2004 r. dotyczyło wyłącznie udziałowców (akcjonariuszy), którzy nie podlegali nieograniczonemu obowiązkowi podatkowemu w Polsce, i tych rezydentów, którzy korzystali ze zwolnień w CIT. Natomiast od 1 stycznia 2005 r. co do zasady przepisy dotyczące niedostatecznej kapitalizacji obejmują wszystkich udziałowców (akcjonariuszy), niezależnie od tego, czy ich miejscem rezydencji jest Polska, z wyjątkiem tych rezydentów, którzy umowy pożyczki ze spółkami zawarli przed 1 stycznia 2005 r. W odniesieniu do odsetek od pożyczek zawartych przed 1 stycznia 2005 r. istnieje zatem zróżnicowanie sytuacji podatników, związane z miejscem siedziby podmiotu będącego ich znaczącym udziałowcem. Tej właśnie sytuacji, w kontekście art. 23 umowy, dotyczył wniosek skarżącej.
