We wniosku o interpretację bank wskazał, że udziela kilku rodzajów gwarancji, m.in. zabezpieczających kredyt, zwrotu zaliczki, przetargowe, celne, płatnicze czy najmu. W przypadku niewykonania zobowiązania głównego, to on wypłaca kwotę gwarancji. Nie zawsze udaje się odzyskać tę kwotę w drodze egzekucji. Pomimo podejmowanych działań zmierzających do uzyskania spłaty, w tym w ramach postępowania windykacyjnego, dochodzone wierzytelności z tytułu wypłaconych gwarancji często nie są spłacane. Wtedy dochodzi do spełnienia przesłanek umożliwiających odpisanie wierzytelności z tytułu wypłaconej gwarancji jako nieściągalnych. Bank zapytał, czy w razie braku spłat kwot wypłaconych tytułem gwarancji będzie uprawniony do zaliczenia poniesionych z tego tytułu strat do kosztów uzyskania przychodów na podstawie art. 16 ust. 1 pkt 25 lit. c ustawy o CIT, jeżeli udokumentuje ich nieściągalność.
Fiskus odpowiedział, że tak, ale tylko w zakresie gwarancji zabezpieczających kredyt. Odmówił prawa do kosztów w przypadku pozostałych gwarancji. W ocenie urzędników, ustawodawca ogranicza zaliczenie do kosztów podatkowych nieściągalnych wierzytelności z tytułu udzielonych przez bank gwarancji tylko do tych udzielonych na spłatę kredytów i pożyczek. Pozostałe wymienione przez bank rodzaje gwarancji (np. przetargowe, celne, loteryjne, płatnicze, dobrego wykonania, najmu, handlowe, rękojmi), inne niż udzielone na spłatę kredytów i pożyczek, nie są objęte sporną regulacją. Bank nie może więc zaliczyć do kosztów uzyskania przychodów strat poniesionych z tytułu ich udzielenia. Może jedynie zaliczyć do kosztów podatkowych straty z tytułu udzielonych gwarancji (poręczeń) spłaty kredytów i pożyczek, odpisanych jako nieściągalne, pod warunkiem odpowiedniego udokumentowania ich nieściągalności.
Taka wykładnia nie satysfakcjonowała banku, więc ją zaskarżył. Najpierw rację przyznał mu Wojewódzki Sąd Administracyjnego w Warszawie, a ostatecznie także Naczelny Sąd Administracyjny.
Istotne dla sprawy okazało się odpowiednie odczytanie użytego przez ustawodawcę w spornym przepisie spójnika „albo". Jak zauważył NSA, w tekstach prawnych powszechnie i zgodnie traktowany jest on jako ustanawiający tzw. alternatywę rozłączną. Dlatego użyte w części przepisu, znajdującej się po zastosowaniu tego spójnika, wyrazy „spłaty kredytów i pożyczek" odnoszą się tylko do rzeczownika „poręczeń", a nie do wyrazu „gwarancji".
W ocenie NSA, określenie „strat poniesionych przez bank z tytułu udzielonych po dniu 1 stycznia 1997 r. gwarancji" wskazuje, że zakres gwarancji z art. 16 ust. 1 pkt 25 lit c ustawy o CIT obejmuje wszelkie gwarancje bankowe, bez konieczności powiązania ich z konkretnym celem. Sąd zwrócił też uwagę na różnice między poręczeniem a gwarancją. Zasadniczą różnicą pomiędzy nimi jest nieakcesoryjny charakter gwarancji wobec stosunku podstawowego.