W czerwcu 2016 r. spółka wystąpiła o interpretację ustawy o CIT. Konkretnie chodziło o to, czy po przekształceniu spółki. z o. o. w spółkę komandytową, będzie ona miała prawo (proporcjonalnie do swojego udziału w zysku) zaliczać do kosztów odpisy amortyzacyjne od wartości początkowej aktywów w pełnej wysokości. Spółka zapytała także o odpisy od tej części wartości początkowej aktywów, która w sp. z o.o. została odniesiona na kapitał zapasowy i z tego względu podlegała ograniczeniom wynikającym z art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. d ustawy o CIT. Sama uważała, że po przekształceniu będzie miała prawo do rozliczania takich odpisów.
Fiskus nie potwierdził tego stanowiska. Zauważył, że powstała w wyniku przekształcenia spółki kapitałowej spółka osobowa (komandytowa) wchodzi we wszystkie prawa i obowiązki jednostki przekształcanej (sukcesja generalna). Wstąpienie sukcesora w obowiązki poprzednika prawnego oznacza zatem, że wynikające z przepisów prawa podatkowego ograniczenia, jakie dotyczyły takiego poprzednika, dotyczą także sukcesora, chyba że przepis szczególny stanowi inaczej.
W konsekwencji, w ocenie urzędników, jeżeli w stosunku do przekształcanego pomiotu miało zastosowanie ograniczenie wynikające z art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. d ustawy o CIT, to ma ono także zastosowanie do podmiotu powstałego w wyniku przekształcenia (do jego wspólników).
Spółka nie zgodziła się z taką wykładnią prawa i miała rację. Wojewódzki sąd administracyjny uznał jej skargę za zasadną. Nie zaakceptował stanowiska o zasadności odmowy przyznania wspólnikom spółki osobowej prawa do pełnego potrącenia odpisów amortyzacyjnych. W ocenie WSA nie wynika to z przepisów i nie można różnicować sytuacji wspólników tej samej spółki osobowej odnośnie do ograniczeń obowiązujących ich na skutek sukcesji generalnej po spółce kapitałowej. Oznaczałoby to bowiem nieuprawnioną akceptację sytuacji, w której osoby fizyczne będące wspólnikami spółki komandytowej mogłyby zaliczyć do kosztów pełną wartość odpisów amortyzacyjnych, a podatnicy CIT będący wspólnikami tej samej spółki byliby dotknięci ograniczeniami dotyczącymi przekształconej spółki kapitałowej.
Sąd przychylił się do stanowiska, że ograniczenie wynikające z art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. d ustawy o CIT nie znajdowało zastosowania do spółki osobowej powstałej z przekształcenia spółki kapitałowej. Przy czym zauważył, że stosowanie tego ograniczenia nie może być wywodzone z art. 93a § 2 pkt 1 lit. b ordynacji podatkowej. Postanowienia tego przepisu o sukcesji podatkowej nie mogą bowiem prowadzić do zmiany reżimu prawnego, który obowiązuje spółki osobowe, a raczej wspólników. Dlatego zdaniem WSA skarżąca, jako wspólnik spółki osobowej, będzie miała prawo zaliczać do kosztów podatkowych pełne odpisy amortyzacyjne od środków trwałych lub wartości niematerialnych i prawnych, a także od tej ich wartości, która w pierwotnej spółce kapitałowej znajdowała się w kapitale zapasowym i w związku z tym podlegała ograniczeniom z art. 16 ust. 1 pkt 63 lit. d ustawy o CIT.
