Ostatniej porażki w Lidze Mistrzów Heynckes doznał 13 marca 2013 roku, gdy prowadzony przez niego w tamtym czasie Bayern przegrał w meczu 1/8 finału LM z Arsenalem na własnym stadionie 0:2. Bawarczycy awansowali jednak dalej dzięki wygranej 3:1 w pierwszym meczu. Ostatecznie w sezonie 2012/2013 Bayern wygrał Ligę Mistrzów - po porażce z Arsenalem w 1/8 finału drużyna z Bawarii wygrała już wszystkie mecze do końca rozgrywek.

Po sezonie 2012/2013 Heynckes udał się na sportową emeryturę, a trenerem Bayernu został Josep Guardiola. Ani jemu, ani jego następcy - Carlo Ancelottiemu - nie udało się powtórzyć wyników Heynckesa w Lidze Mistrzów.

Po słabym początku sezonu 2017/2018 w wykonaniu Bayernu (drużyna przegrała m.in. w fazie grupowej LM 0:3 z PSG) Heynckes wrócił na ławkę drużyny z Bawarii zastępując Ancelottiego. Od tego czasu Bayern w Lidze Mistrzów odnosi same zwycięstwa.

Oznacza to, że od kwietnia 2013 roku do kwietnia 2018 roku Heynckes wygrał 12 kolejnych meczów Ligi Mistrzów, w których usiadł na ławce jako szkoleniowiec.

Mimo udanego powrotu na ławkę trenerską Heynckes zapowiedział już jednak, że w przyszłym sezonie nie będzie trenerem drużyny mistrza Niemiec.