Władza komunistyczna postanowiła jawnie uderzyć w „reakcję”, a pod tym pojęciem rozumiała m.in. legalnie działające Polskie Stronnictwo Ludowe i dawną Polską Partię Socjalistyczną. Przed „ludowym” sądem stanęli działacze Zrzeszenia "Wolność i Niezawisłość" oraz PSL Stanisława Mikołajczyka.

Proces rozpoczął się w poniedziałek 11 sierpnia 1947 r. przed Wojskowym Sądem Rejonowym w Krakowie w sali Sądu Okręgowego przy ul. Senackiej 1. Obecnie sala ta jest własnością Muzeum Archeologicznego. Najważniejszymi oskarżonymi byli prezes II Zarządu Głównego WiN płk Franciszek Niepokólczycki oraz wiceprezes Zarządu Wojewódzkiego PSL w Krakowie Stanisław Mierzwa - sądzony wcześniej w procesie szesnastu przywódców polskiego Państwa Podziemnego w Moskwie. Obok nich zasiedli inni działacze WiN i PSL.

Szeroko relacjonowane w prasie i radiu rozprawy służyły skompromitowaniu opozycji jawnej i tej pozostającej w konspiracji. Proces krakowski miał uderzyć szczególnie w Stanisława Mikołajczyka, wykazując związki PSL z podziemiem, co miało dać pretekst do nasilenia ataków na ludowców i ich prezesa. Oskarżycielem publicznym był Stanisław Zarakowski, zastępca Naczelnego Prokuratora Wojskowego.

Działaczy WiN oskarżono o działalność wywiadowcą na rzecz obcych mocarstw oraz terroryzowanie członków PPR. Natomiast politykom PSL zarzucano świadomą współpracę z nimi. Prasa prześcigała się w napastliwych artykułach łączących PSL z podziemiem i „obcymi agenturami”. Po miesiącu i 19 rozprawach osiem osób skazano na karę śmierci, osiem na długoletnie więzienie, jedną osobę uniewinniono. Później prezydent Bolesław Bierut zamienił trzem skazanym, m.in. Niepokólczyckiemu, wyrok śmierci na karę dożywotniego więzienia.

Proces krakowski oraz ostateczne przypięcie łatki „obozu reakcji” oznaczały w praktyce koniec PSL Stanisława Mikołajczyka . Miesiąc po zakończeniu rozpraw, 17 październiku 1947 r., Mikołajczyk, ostrzeżony o oczekującym uchyleniu immunitetu parlamentarnego, aresztowaniu i grożącej mu karze śmierci, zwrócił się do ambasady Stanów Zjednoczonych o pomoc w ewakuacji za granicę. Wkrótce potem władza komunistyczna przejęła kontrolę nad PSL, a dwa lata później połączyła je z reżimowym SL, tworząc Zjednoczone Stronnictwo Ludowe. Oznaczało to w praktyce zdelegalizowanie ostatniej z jawnie działających partii opozycyjnych.