Masekela urodził się w RPA w kwietniu 1939 roku. Na trąbce zaczął grać w wieku 14 lat, gdy otrzymał instrument os południowoafrykańskiego biskupa. Już jako 20-latek zagrał w zespole Jazz Epistles w jazzowej adaptacji "King Konga".
Debiutancki album wydał Masekela w 1962 roku, tuż po emigracji do Londynu rok wcześniej. Znalazły się na niej utwory propagujące mbaqangę - narodową muzykę o korzeniach w kulturze rdzennych mieszkańców Południowej Afryki, Zulusów. Wkrótce Masekela sięgnął również po pop i rock, w tym piosenki Beatlesów, Arethy Franklin czy Beach Boysów.
Uczył się od znakomitych muzyków -Dizzy'ego Gillespie czy Louisa Armstronga, którzy namawiali go, by nie porzucał w muzyce afrykańskich korzeni. Współpracował z wybitnymi artystami swoich czasów - Harrym Belafonte, Paulem Simonem czy Steviem Wonderem.
Masekela wspierał walkę Nelsona Mandeli. Wraz z żoną, również zaangażowaną w walkę z apartheidem południowoafrykańską pieśniarką Miriam Makebą nagrał piosenkę "Soweto blues", o powstaniu i masakrze dzieci w tym mieście w 1976 roku.