Polecenie zapłaty polega na automatycznym obciążaniu konta przez wierzyciela, którym jest np. operator telekomunikacyjny czy dostawca energii, zgodnie z przesyłanymi fakturami.

Polecenie zapłaty można ustawić składając w systemie bankowości internetowej elektroniczny wniosek zezwalający na obciążanie rachunku przez wskazaną firmę. W kolejnym kroku bank zawiadamia usługodawcę swojego klienta o tym, że faktury powinny również trafiać do niego. Znajdować się na nich powinny informacje o kwocie i terminie płatności.

Na podstawie wystawionego przez klienta pozwolenia na obciążanie przez bank rachunku, wierzyciel wystawia mu więc fakturę za dostarczone usługi i jednocześnie przekazuje informację do banku, który opłaca rachunek automatycznie. Klient nie musi robić już nic. Wystarczy jednorazowe upoważnienie, które działa do odwołania.

Na wykonaną przez bank płatność można się nie zgodzić i anulować ją we wskazanym przez instytucję finansową okresie czasu.

Jeżeli na koncie nie będzie wystarczającej ilości środków, by dokonać automatycznej spłaty, płatność ta przepada. W niektórych przypadkach, bank może jednak podjąć próbę spłaty w kolejnych dniach, licząc na uzupełnienie przez jego klienta brakującej kwoty na koncie.