Dziś w toku kontroli celno-skarbowej nie wszczyna się kontroli podatkowej. Relacja między postępowaniem kontrolnym a kontrolą podatkową była inaczej uregulowana do końca lutego br. Wówczas wszczęcie kontroli podatkowej w ramach postępowania kontrolnego było fakultatywne, co wzbudzało liczne wątpliwości. W odniesieniu do kontroli celno-skarbowej nie jest już zatem zasadne wystosowywanie przez podmioty kontrolowane argumentacji o możliwym obejściu przepisów o kontroli podatkowej(a w konsekwencji także przepisów ustawy o swobodzie działalności gospodarczej) przez kontrolujących, czy też o wykonywaniu czynności ściśle związanych ze specyfiką kontroli podatkowej bez formalnego wszczynania tej procedury. Jednocześnie ustawodawca zareagował na kontrowersje, które pojawiły się na gruncie prawa karnego skarbowego, co do relacji pomiędzy pojęciami „postępowanie kontrolne" i „kontrola skarbowa".
Jak było przed reformą...
W stanie prawnym obowiązującym do końca lutego 2017 roku wszczęcie kontroli podatkowej w toku postępowania kontrolnego było fakultatywne. Po rozpoczęciu postępowania kontrolnego organ mógł wszcząć kontrolę podatkową. Przepisy nie precyzowały jednak przesłanek warunkujących konieczność zbierania materiału dowodowego w jej toku. Wobec tego organy stosowały za pośrednictwem art. 31 ustawy o kontroli skarbowej (dalej: u.k.s.) przepisy o postępowaniu podatkowym uregulowanym w ordynacji podatkowej, bez formalnego wszczynania kontroli podatkowej.
W orzecznictwie podkreślano (np. wyrok Naczelnego Sądu Administracyjnego z 15 lipca 2011 r., I FSK 849/11), że część uprawnień przysługuje organom kontroli skarbowej wyłącznie w toku kontroli podatkowej, część natomiast może być realizowana zarówno w toku postępowania kontrolnego, jak i kontroli podatkowej. Jednocześnie brakowało norm, które wprost regulowałyby zakres poszczególnych kategorii uprawnień. Taki stan prowadził do licznych sporów i braku pewności co do legalności działania organu w konkretnym przypadku. Samo orzecznictwo bardzo sceptycznie podchodziło przy tym do koncepcji obejścia przepisów o kontroli podatkowej, pomimo solidnej podstawy aksjologicznej – aby uznać racjonalność tego zarzutu, wymagane były jednoznaczne oraz jaskrawe okoliczności konkretnego przypadku.
...a jak jest obecnie
W stanie prawnym obowiązującym od 1 marca br. organom kontroli celno-skarbowej wprost przyznano kompetencję do przeprowadzania czynności kontrolnych szeroko wymienionych w ustawie o Krajowej Administracji Skarbowej, w dodatku bez wszczynania kontroli podatkowej. Wyeliminowano w ten sposób występującą w poprzednim stanie prawnym wątpliwość co do zakresu uprawnień w ramach postępowania kontrolnego, w toku którego nie została wszczęta kontrola podatkowa. Obecnie samo wszczęcie kontroli celno-skarbowej wystarczy do wykonywania czynności kontrolnych w pełnym ich spektrum, wskazanym w ustawie o KAS. Nie ma również wątpliwości, że do kontroli celno-skarbowej nie stosuje się gwarancji dla kontrolowanych przedsiębiorców, które są ustanowione w ustawie o swobodzie działalności gospodarczej (art. 93 ustawy o KAS) – m.in. ograniczenia czasu trwania kontroli, zakazu kontroli równoczesnych, prawa do złożenia sprzeciwu.
Ustawodawca wprowadził również zmianę w art. 83 kodeksu karnego skarbowego (dalej: k.k.s.), który aktualnie stanowi wprost również o penalizacji utrudniania kontroli celno-skarbowej.