Na organie podatkowym ciąży obowiązek zebrania i rozpatrzenia w sposób wyczerpujący całego materiału dowodowego (art. 187 § 1 o.p.). Jednocześnie organ podatkowy powinien mieć w tym kontekście na uwadze także zasadę prawdy obiektywnej stypizowaną w art. 122 o.p., zgodnie z którym w toku postępowania organy podatkowe podejmują wszelkie niezbędne działania w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego oraz załatwienia sprawy.
W konsekwencji organ prowadzący postępowanie jest obowiązany zebrać kompletny materiał dowodowy oraz odnieść się do wszystkich zgromadzonych w sprawie dowodów. W przeciwnym razie może dojść do naruszenia ww. przepisów w stopniu mogącym mieć istotny wpływ na wynik sprawy, co stanowi podstawę odwoławczą.
Materiał dowodowy zebrany przez organ podatkowy powinien być kompletny w tym znaczeniu, że powinien on dotyczyć wszelkich okoliczności danej sprawy, z którymi wiążą się skutki prawne. Organ podatkowy nie może prowadzić postępowania, ukierunkowując je na udowodnienie z góry założonych tez, ani gromadzić tylko tych dowodów, które ten cel przybliżają.
Niezbędny jest udział zainteresowanego
Orzecznictwo sądów administracyjnych podkreśla, że obowiązek przeprowadzenia całego postępowania co do wszystkich istotnych okoliczności spoczywa zawsze na organach podatkowych i nie może być w żadnym razie przerzucany na podatnika (por. wyrok NSA z 20 marca 1997 r., SA/Po 1459/96). Wskazują jednak przy tym na niezbędny udział podatnika w toku gromadzenia materiału dowodowego w sprawie. W wyroku z 6 lutego 2008 r. (II FSK 1671/06) NSA zaakcentował, że wynikający z art. 122 o.p. obowiązek podejmowania wszelkich działań w celu dokładnego wyjaśnienia stanu faktycznego nie oznacza, że ciężar dowodu obciąża w każdej sytuacji organ podatkowy. Ustalenie bowiem niektórych faktów – zwłaszcza tych, o których wie wyłącznie podatnik, pozostaje poza zakresem możliwości organu podatkowego (zob. informacja o działalności sądów administracyjnych w 2008 r., Warszawa 2009, s. 63 www.nsa.gov.pl/download.php?plik=41).
Z kolei w wyroku z 13 lipca 2010 r. (II FSK 502/09) NSA wskazał, że: „Podatnik nie może czerpać korzyści procesowych z nieskorzystania ze swoich uprawnień w zakresie postępowania dowodowego, które gwarantuje art. 123 o.p. Bierność podatnika nie może odnieść skutków negatywnych, ale nie może też prowadzić do skutków pozytywnych, faworyzujących stanowisko podatnika w postępowaniu sądowo-administracyjnym względem organu podatkowego, gdyż inaczej zostałaby naruszona zasada sprawiedliwości".