Gdy kwota podatku naliczonego jest w okresie rozliczeniowym wyższa od kwoty podatku należnego, podatnik ma prawo do zwrotu różnicy na rachunek bankowy. Przy czym, jeżeli zasadność zwrotu wymaga dodatkowego zweryfikowania, to naczelnik urzędu skarbowego może przedłużyć termin zwrotu różnicy do czasu zakończenia weryfikacji rozliczenia podatnika przeprowadzanego w ramach:
- czynności sprawdzających, kontroli podatkowej lub postępowania podatkowego na podstawie przepisów ordynacji podatkowej lub
- postępowania kontrolnego na podstawie przepisów o kontroli skarbowej.
Stanowisko sądu
Do zakresu tej weryfikacji odniósł się Naczelny Sąd Administracyjny w uchwale z 24 października 2016 r. (I FPS 3/16). Sąd uznał, że w przypadku przedłużenia terminu zwrotu różnicy podatku w związku z weryfikacją prowadzoną na podstawie art. 87 ust. 2 zdanie drugie ustawy o VAT w ramach czynności sprawdzających, o których mowa w dziale V ordynacji podatkowej, nie jest możliwe żądanie od kontrahentów podatnika wykonujących działalność gospodarczą przedstawienia dokumentów w celu sprawdzenia ich prawidłowości i rzetelności.
Z uchwały tej wynika, że organy podatkowe nie są uprawnione do wykonywania tzw. kontroli krzyżowej w ramach czynności sprawdzających związanych z weryfikacją zasadności zwrotu różnicy podatku od towarów i usług. NSA słusznie wskazał, że żądanie przedstawienia dokumentów od kontrahentów podatnika jest możliwe wyłącznie w toku prowadzonego postępowania podatkowego lub kontroli podatkowej.